有機肥廠目前，有機肥的盲目施用，不僅可造成土壤質量退化，而且對水體環境、農產品質量安全產生威脅。因此，應進一步加強有機肥無害化與安全施用規范方面的研究。

(1)加強有機肥無害化技術研究。現在的有機肥含有數量眾多的有毒有害物質，而目前的有機肥農家積造、商品有機肥的工廠化生產工藝仍然處于相對簡單、落后水平，均難以實現完全的無害化，即使商品有機肥，仍可能含有一定量的病原生物、重金屬、抗生素、抗性菌等污染物，其長期或過量施入將帶來一定的環境風險。應針對不同的有機肥及其污染物特性，研究相應的有毒有害物質消減技術。

(2)加強有機肥標準化質量管理體系研究。目前我國有機肥僅有農業部的部頒質量標準，且全國僅單級標準。由于商品有機肥原料的來源廣泛，所含養分和其他物質(如污染物質)千差萬別，因此，通過堆肥而生產的有機肥質量差異甚大，難以像化肥那樣有相對穩定的物質組成。這給商品有機肥的生產和使用以及市場的健康發展帶來諸多不便，尤其是隨著現代社會管理標準化趨勢的發展，其矛盾更加突出。歐美等發達國家均建立了不同類別及用途有機肥的質量標準。如歐盟將商品有機肥分為2級。在有機肥分級質量標準體系的基礎上，歐美國家還制訂了成套的生產、包裝、質量認證、標識等管理體系和質量控制體系。因此，進一步加強我國有機肥標準化質量管理體系研究迫在眉睫。

(3)加強有機肥安全施用技術研究。一些發達國家針對不同的土壤、不同的作物、不同的生態控制區，研究制訂了相應的有機肥施用技術規范，如有機肥的施用量、施用時期、施用方式等，確保有機肥的安全施用。而我國有機肥的施用多憑經驗，盲目施用比較普遍。應進一步系統開展不同有機肥在不同土壤、不同作物上的安全施用研究，盡快形成有關的技術規范，指導農民的合理用肥。